อย่างไรก็ตามในอดีตพุทธศาสนาก็ไม่เคยปฏิเสธไสยศาสตร์อย่างหลัง หรือพูดให้ถูกต้องก็คือ พุทธศาสนายอมรับไสยศาสตร์อย่างหลังในบางแง่หรืออย่างมีเงื่อนไข ทั้งนี้เพราะการยอมรับไสยศาสตร์ในบางกรณีไม่ได้หมายความว่าบุคคลจะต้องไปสยบยอมสิ่งศักดิ์สิทธิ์เสมอไป พระเจ้ากรุงธนบุรีแม้จะทรงเชื่อในอำนาจของเทวดา แต่แทนที่จะอ้อนวอนพึ่งพิงเทวดา พระองค์กลับทรงมีพระราชโองการประกาศเทพารักษ์ให้กำจัดปีศาจ ทั้งนี้เพื่อให้บ้านเมืองมีความสงบสุข

เหตุผลสำคัญประการหนึ่งที่พุทธศาสนาในอดีตยอมรับไสยศาสตร์ ก็คือต้องการเอาไสยศาสตร์มาใช้ให้เกิดประโยชน์ในทางธรรม ทั้งนี้เพราะความจริงมีอยู่ว่า มนุษย์นั้นตราบใดที่ยังเป็นปุถุชนอยู่ ในยามเป็นทุกข์อย่างน้อยบางครั้งบางเวลาก็ต้องการสิ่งปลอบประโลมใจยิ่งกว่าเหตุผล การรู้จักใช้ไสยศาสตร์ให้เป็น โดยมีธรรมะเป็นตัวนำย่อมช่วยให้เขาเกิดความอบอุ่นใจ สามารถตั้งหลักใหม่เพื่อแก้ปัญหาของตัวด้วยวิธีการที่ถูกทำนองคลองธรรม ขณะเดียวกันก็เป็นการให้กำลังใจแก่คนที่เพียรพยายามสร้างความเจริญก้าวหน้าแก่ชีวิต ที่สำคัญก็คือไสยศาสตร์หากใช้ให้ถูกก็สามารถควบคุมกิเลสตัณหาของผู้คนให้อยู่ในขอบเขต เพื่อให้การแสวงหาโชคลาภและความสำเร็จแบบโลก ๆ เป็นไปในทางที่เหมาะสม ไม่ก่อความเดือดร้อนแก่ผู้อื่น เพราะคนบางประเภทนั้น การสอนด้วยเหตุผลหรือธรรมะล้วน ๆเพื่อให้เกิดหิริ(ความละอายต่อมโนธรรมสำนึกของตน)นั้นยากที่จะประสบผล เพราะปัญญายังไม่มีพลังพอที่จะทัดทานสัญชาตญาณใฝ่ต่ำ จำเป็นต้องเอาสิ่งศักดิ์สิทธิ์หรือนรกเข้ามา ขู่เพื่อให้เกิดโอตตัปปะ (ความกลัวต่อโทษทัณฑ์ที่จะได้รับจากภายนอก) ถึงจะควบคุมพฤติกรรมให้อยู่ในร่องรอยได้ มิไยจะต้องเอ่ยถึงคนอีกมากที่ต้องการทางลัดสู่ความมั่งมีศรีสุข จนง่ายที่จะติดหลงงมงายอยู่กับการอ้อนวอนบวงสรวง หรือเป็นเหยื่อของคนที่เอาไสยศาสตร์เป็นเครื่องมือแสวงหาประโยชน์ส่วนตน คนกลุ่มนี้ก็ต้องการไสยศาสตร์ที่มีพุทธศาสนากำกับเพื่อชักนำให้สู่หนทางที่ถูกต้องด้วยเช่นกัน
ด้วยเหตุนี้แม้แต่ท่านพุทธทาสภิกขุก็ยังยอมรับว่า "พุทธศาสตร์นี้ยังต้องอาศัยไสยศาสตร์"

การเชื่อไสยศาสตร์ไม่จำเป็นต้องหมายความว่าจะต้องหลงงมงายเสมอไป ประเด็นสำคัญอยู่ว่าเชื่ออย่างไร ถ้าเชื่อจนเลิกพึ่งพิงปัญญาหรือการกระทำของตนเอง ก็ย่อมเป็นความงมงาย แต่เมื่อเชื่อแล้วเกิดกำลังใจที่จะทำความดี เพียรพยายามที่จะกระทำให้เกิดผลสำเร็จด้วยตนเอง จะเรียกว่าเป็นความงมงายได้อย่างไร ในเรื่องนี้พระธรรมปิฎกได้ชี้ว่า การเชื่อถือสิ่งศักดิ์สิทธิ์นั้นเป็นที่ยอมรับได้ในพุทธศาสนาหากว่าไม่ขัดต่อหลักการใหญ่ ๆ ๓ ประการคือ ๑)หลักกรรม กล่าวคือ ความเชื่อนั้นไม่เป็นอุปสรรคต่อการส่งเสริมให้เกิดความเพียรพยายามเพื่อให้เกิดผลสำเร็จด้วยการกระทำของตนเอง ๒)หลักสิกขา กล่าวคือ ความเชื่อนั้นสามารถถูกชักนำไปสู่การฝึกฝนพัฒนาตนให้เจริญก้าวหน้า ไม่ติดจมอยู่กับสิ่งปลอบใจภายนอก ๓) ความหมายที่แท้จริงของความศักดิ์สิทธิ์ กล่าวคือ เห็นว่าความศักดิ์สิทธิ์ที่แท้จริงนั้นอยู่ทีคุณธรรมและปัญญา มิใช่ควบคู่ไปกับกิเลสหรือโลภะโทสะโมหะ

ในทางตรงกันข้าม การเชื่อในเหตุผลและวิทยาศาสตร์นั้น หากเชื่อด้วยความติดยึดหรือเกิดอุปาทานขึ้นมา ก็สามารถเป็นความหลงงมงายได้ง่าย ๆ เพราะเมื่อติดยึดในเหตุผลอย่างฝังแน่นเข้าแล้ว อะไรที่ไม่สอดคล้องกับเหตุผลของตัว (หรือไม่สามารถลำดับเป็นเหตุเป็นผลได้) ก็อาจถูกบอกปัดไปได้ทันทีโดยไม่ทันใช้ปัญญาพิจารณา ในทำนองเดียวกันคนที่เชื่อวิทยาศาสตร์ก็อาจกลายเป็นคนงมงายได้หากว่าเอาวิทยาศาสตร์เป็นเกณฑ์ประทับตราความจริงไปเสียทุกเรื่อง จนถึงขั้นว่าไม่ยอมรับว่าบุหรี่เป็นสิ่งเสพติดจนกว่าจะมีงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์มายืนยัน หรือปฏิเสธความจริงที่ว่าฟ้าทะลายโจรสามารถรักษาอาการเจ็บคอได้ตราบใดที่นักวิทยาศาสตร์ยังค้นไม่พบสารออกฤทธิ์ ส่วนอะไรก็ตามที่วิทยาศาสตร์ไม่รับรองหรือยังพิสูจน์ไม่ได้ ก็โจมตีว่าเป็นของหลอกลวง ไม่มีจริง ทั้งๆที่วิทยาศาสตร์เป็นเพียงวิถีทางหนึ่งเท่านั้นในการบ่งชี้ความจริง มิพักต้องกล่าวว่าทฤษฎีและกรอบของวิทยาศาสตร์นั้นแปรเปลี่ยนเลื่อนไหลตลอดเวลา

อย่าว่าแต่เหตุผลหรือวิทยาศาสตร์เลย แม้สิ่งที่ประเสริฐกว่านั้นคือพระรัตนตรัย หากเชื่อด้วยความติดยึด พระรัตนตรัยนั้นแหละกลับจะกลายเป็นอุปสรรคในการเข้าถึงพุทธศาสนา ความข้อนี้ท่านพุทธทาสภิกขุได้กล่าวเตือนไว้นานแล้วว่า พระพุทธ พระธรรม พระสงฆ์สามารถเป็น"ภูเขาแห่งการเข้าถึงพุทธธรรม"ได้

กล่าวโดยสรุปก็คือ ในทัศนะพุทธศาสนานั้นสิ่งสำคัญไม่ได้อยู่ตรงที่เชื่ออะไร แต่เชื่ออย่างไรต่างหากที่สำคัญกว่า ถ้าเชื่อว่ามีผีสางเทวดาแต่ไม่งมงายกับผีสางเทวดา ย่อมดีกว่าเชื่อวิทยาศาสตร์แต่กลับงมงายใหลหลงจนปฏิเสธบุญบาป ถ้าเช่นนั้นเชื่ออย่างไรถึงจะสอดคล้องกับพุทธศาสนา นอกจากหลัก ๓ ประการของพระธรรมปิฎก ตลอดจนการเชื่อโดยไม่ยึดมั่นหรือเชื่ออย่างงมงายไม่ใช้ปัญญาพิจารณาดังที่ท่านพุทธทาสภิกขุได้เน้นแล้ว เกณฑ์สำคัญอีกหมวดหนึ่งก็คือหลักตัดสินธรรมวินัย ๘ ประการ นั่นคือไม่ว่าจะเชื่ออะไรก็ตาม ประเด็นสำคัญอยู่ที่ว่า เชื่อแล้วนำไปสู่การคลายกำหนัด ส่งเสริมความเพียร เลี้ยงง่าย มักน้อย สันโดษ สงัด ไม่ก่อทุกข์ ลดกิเลส หรือไม่ เป็นต้น ถึงไม่เชื่อผีสางเทวดา หากเชื่ออย่างอื่นที่ดูส่งส่งมีเหตุมีผลกว่า แต่ถ้าก่อให้เกิดสิ่งที่ตรงข้ามกับหลัก ๘ ประการนี้ก็ไม่ถือว่าเข้ากับหลักพุทธ ไม่ว่าความเชื่อเช่นนั้นจะอ้างตัวเป็นวิทยาศาสตร์เพียงใด ก็ไม่อาจเรียกว่าเป็น"พุทธแท้"ได้เลย

ดังนั้นพุทธศาสนาจึงไม่ควรปฏิเสธไสยศาสตร์อย่างสิ้นเชิง หากพึงยอมรับไสยศาสตร์อย่างจำแนก แต่เกณฑ์ในการยอมรับนั้นไม่พึงให้วิทยาศาสตร์มากำหนด กล่าวคือ จะยอมรับไสยศาสตร์อย่างใดแค่ไหน ไม่ได้ขึ้นอยู่ว่า ไสยศาสตร์นั้น ๆ มีความไม่เป็นวิทยาศาสตร์มากน้อยเพียงใด หากแต่เอาจุดมุ่งหมายในทางธรรมเป็นตัวตั้ง กล่าวคือรับเอาไสยศาสตร์เข้ามาเพื่อใช้ไสยศาสตร์นั้นเป็นสื่อนำไปสู่ความรู้ผิดชอบชั่วดี ไม่เบียดเบียนผู้อื่น ช่วยให้พึ่งตนเอง และพัฒนาตนให้เจริญก้าวหน้าในทางธรรม จนเป็นอิสระจากไสยศาสตร์ และแก้ปัญหาชีวิตของตนได้ด้วยปัญญาและคุณธรรม